按保护对象来分，自然保护区可分为生态系统保护区、生物物种保护区和自然遗迹保护区三类。生态系统保护区：以具有一定代表性、典型性和完整性的生物群落和非生物环境共同组成的生态系统作为主要保护对象的自然保护区。

截止2019年6月，加入联合国“人与生物圈保护区网”的自然保护区有：武夷山、鼎湖山、梵净山、卧龙、长白山、锡林郭勒、博格达峰、神农架等34处。

在自然保护区内，人类的各种活动受到不同程度的限制，以确保区域内的保护对象保持无人为干预的自然发展状况。

自然保护区的设立必须以保护某个核心对象为目标，对象为具有代表性的生态系统、珍稀濒危动物的天然集中分布区、水源涵养区等。