1997年2月，机械工业部正式通知，安徽工学院与原合肥工业大学组建为新的合肥工业大学。

　　1998年9月1日，经国务院批准，合肥工业大学被划转为教育部直属高校。

　　2000年9月20日，合肥工业大学深圳研究院成立。

　　2002年，合肥工业大学出版社成立。

　　2001年，学校开始建设新校区——翡翠湖校区。

　　2003年8月，翡翠湖校区全部建成并交付使用。

　　2005年，学校进入国家“211工程”重点建设高校行列。

　　2006年，学校入选国家大学生文化素质教育基地。

　　2009年，学校被列入国家“985工程”优势学科创新平台建设高校计划。

　　2007年，依托合肥工业大学创办合肥共达职业技术学院。

　　2008年，入选国家大学生创新性实验计划立项学校。

　　2010年6月，学校入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”实施高校。

　　2011年，经教育部批准，合肥工业大学、宣城市人民政府共同建设合肥工业大学宣城校区，学校对口支援北方民族大学。同年9月，由新华社安徽分社、安徽省科技厅和合肥工业大学三方联合共建的科学研究机构——合肥工业大学工业信息研究院成立。

　　2012年5月，学校被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。

　　2013年5月，教育部、工业和信息化部、安徽省人民政府签署协议，共建合肥工业大学。9月，合肥工业大学工业与装备技术研究院成立。

　　2014年，合肥工业大学与合肥市人民政府共同组建合肥工业大学智能制造技术研究院。

　　2015年7月，学校入选首批全国高校实践育人创新创业基地。

　　2016年6月，学校由新能源汽车工程研究院、汽车技术与装备国家地方联合工程研究中心与原汽车工程技术研究院合并组建合肥工业大学汽车工程技术研究院。

　　2017年2月，学校入选全国首批深化创新创业教育改革示范高校。3月，学校获批高等学校与科研机构联合培养博士研究生专项计划。9月，学校入围国家首批“双一流”世界一流学科建设高校名单。11月，学校获评第一届全国文明校园荣誉称号。

　　2018年3月，学校入选教育部首批国家级“新工科”研究与实践项目。7月，国家国防科技工业局、教育部联合发文，确定“十三五”期间新增8所共建高校，合肥工业大学位列其中;同月，学校入选2018年度全国创新创业典型经验高校。

　　2019年5月，蚌埠市人民政府与合肥工业大学战略合作签约仪式在合肥举行。

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