南京985大学有两所，分别是南京大学和东南大学。首批“985工程”建设高校共9所，即北京大学、清华大学、中国科学技术大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、南京大学、浙江大学、哈尔滨工业大学。

南京大学简称“南大”，位列“双一流”A类、“985工程”、“211工程”、重点建设高校，入选“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”。至2020年，学校有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区；设有31个直属院系，88个本科专业。

东南大学起源于1902年建校的三江师范学堂，学堂下设理化科（后称理化数学部）、农学博物科（后称博物农学部）、历史舆地科、手工图画科。截至2021年3月，东南大学建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，有34个院系、84个本科专业。

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