截至2019年12月南京地铁3号线站点有南京北站，林场站，星火路站，东大成贤学院站，泰冯路站，天润城站，柳洲东路站，上元门站，五塘广场站，小市站，南京站，南京林业大学·新庄站，鸡鸣寺站，浮桥站，大行宫站。常府街站，夫子庙站，武定门站，雨花门站，卡子门站，大明路站，明发广场站，南京南站，，宏运大道站，胜太西路站，天元西路站，九龙湖站，诚信大道站，东大九龙湖校区站，秣周东路站，和风路站，秣陵街道站。

地铁3号线途经浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入主城一路南下，进入江宁东山片区，南至秣周东路站。

南京地铁3号线采用宽体鼓形A型地铁列车，行走制式为钢轮钢轨，轨距为1.435米，采用4动2拖方式编组，共配车46列276辆（截至2018年底）。每一列车有6节编组，每节长24.4米、宽3.2米、高3.8米，每节车厢每侧各5扇塞拉式车门，单节载客量310人，整列载客量1860人。

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