南京东站在栖霞区，具体位置在南京市栖霞区尧化街道高庙90号，附近为丘陵。车站在京沪铁路上，距北京站1142.3千米，离南京站10.2千米，距上海站291.2千米。

1908年，车站始建，初称尧化门编组站；1969年11月至1973年5月，尧化门编组站扩建为纵列式三级四场驼峰编组站；1978年，更名为南京东站。

南京东站是华东地区最大的复线电气化铁路驼峰编组站、货运站、客运站、枢纽站。整体站场长度达8千米以上，站线126股，线路总长120千米，道岔422组。南京东站到达场南侧为南京东机务段，编组场头部南侧为南京东车辆段。

南京东站是华东重要编组站之一，承担京沪、宁铜、宁启、宁西4条铁路货运列车解体、编组任务。

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