北京南站有2条地铁经过，分别是北京地铁4号线和北京地铁14号线。北京南站，位于中国北京市丰台区铁路北京南站下方，由北京京港地铁有限公司运营管理，是北京地铁4号线、北京地铁14号线的换乘站，也是14号线的东段西端终点站。

北京南站于2009年9月28日投用运营北京地铁4号线，于2015年12月26日投用运营北京地铁14号线。北京南站地铁站的建设可更加完善北京南站综合交通枢纽高效便捷的换乘功能，进一步增强交通疏导能力，使旅客真正体会到现代化综合交通枢纽给人们带来的换乘的便捷。

北京地铁4号线，是中国北京市开通的第九条地铁线路，也是北京轨道交通路网中一条贯穿市区南北的主干线，其标志色为青绿色。

北京地铁14号线，是中国北京市第16条建成运营的地铁线路，由北京京港地铁有限公司负责运营，其标志色为淡粉色。据2021年12月北京地铁官网显示，北京地铁14号线呈西南至东北走向，呈反“L”形骨干线路，西起丰台区张郭庄站，北至朝阳区善各庄站。

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