1、含义不一样

成语故事很大部分是历史典故，是发生过的事情，然后人们用一个成语将这些事情总结、浓缩为一个简短的句子或短语，以方便地表达整个故事和故事要讲述的内容，在功能上不一定要有积极的寓意。

寓言故事是根据事实或者编造的故事向人们讲述一个道理，给人以启发。并且大部分寓言，是为了讲述一个道理而编造的，并没有真实的根据。

2、文学体裁不一样

成语故事是我国历史的一部分，成语是历史的积淀，每一个成语的背后都有一个含义深远的故事。其特点是深刻隽永，言简意赅。阅读成语故事，可以了解历史、通达事理、学习知识、积累优美的语言素材。

寓言故事是文学体裁的一种。含有讽喻或明显教训意义的故事。它的结构简短，多用借喻手法，使富有教训意义的主题或深刻的道理在简单的故事中体现。

3、地域不一样

寓言故事不仅中国有，外国也有寓言故事，比如国外的《伊索寓言》、《克雷洛夫寓言》等；而成语故事是我国历史的一部分，是中国历史流传下来的的。