地表水区境属长江流域巢湖水系，地表水资源充沛。正常年份大气降水量约为22.7亿立方米，多年平均地表径流深370毫米，产水量5.6亿立方米。多年平均入湖径流量为36.51亿立方米，但不同年份和不同地貌径流有一定的差异，最大年径流量77.8亿立方米，最小年径流量2.34亿立方米。巢湖达到设计洪水位12.5米时，湖泊面积784平方千米，蓄水量为52.0亿立方米;多年平均水位8.37米时，相应库容为20.7亿立方米;在保证灌溉水位8.0米时，相应库容为17.86亿立方米;在巢湖水位低于8.0米时，可利用凤凰颈大站引江灌溉。全市75%年份地表径流深350.6毫米，地表径流量为46408万立方米，人均占有地表水资源906立方米。全市水库、塘坝调蓄容量为1.4亿立方米，境内有柘皋河、夏阁河、裕溪河、清溪河、鸡裕河、兆河、花塘河等12条常年性河流，连湖通江，兼具泄洪和灌溉引水双重功能。过境水主要来自巢湖和长江，北部利用滁河通过驷马山引江灌溉工程提引长江水灌溉。保证全区农业丰收的基础，但丰水年易造成洪涝灾害。

　　全市地下水储量3900万立方米，已开采利用的占30%左右，总的特点是埋藏深浅不一。如半汤温泉和冷泉向外喷溢，每昼夜自流量可达3000立方米。马脊山下的金庭洞泉水一昼夜间出水量约200立方米。有的丘陵山区地下水埋藏深度达10米以上，水质冷，一般打井仅作为人畜生活用水，基本不用于农业灌溉。圩区地下水位较高，易成渍害，是农业生产的障碍因素。

　　从水质上看，天然状态水的化学性质稳定，pH值较适宜，矿化度低，硬度小，水质良好。水的类型，基本上属重碳酸盐类钙型的淡水，适宜于工农业生产和生活用水。但在全区已有不少河段水质受到污染，有的相当严重。