汉代属毋敛县，王莽时毋敛县改称有敛县。

唐代置石牛县，属南寿州治。

宋代置中平县，大观四年，废中平县，并入庆远府河池县。

元代置独山州蛮夷军民长官司。

明代弘治七年（公元1494年）设置独山州。

民国改设独山县，将三脚屯州同分设三合县，后为贵州省八个行政督察区中的第二行政督察区的专员公署所在地，时为贵州省的第四大城市，国统区第十四大城市。

1949年11月19日解放，将贵州省第二行政督察区改设为独山专区。1957年独山县，荔波县，平塘县（部分）三县合并，1961年三县分设，独山县沿用。

2013年07月，撤销城关镇、尧梭乡、羊凤乡，设置百泉镇，以原城关镇、尧梭乡、羊凤乡地域为百泉镇行政区域，镇人民政府驻中南社区；撤销麻尾镇、黄后乡、董岭乡和尧棒乡，设置新的麻尾镇，以原麻尾镇、尧棒乡、黄后乡、董岭乡地域为新设置的麻尾镇行政区域，镇人民政府驻麻尾村；撤销兔场镇、甲定水族乡、翁台水族乡，设置影山镇，以原兔场镇、甲定水族乡、翁台水族乡地域为影山镇行政区域，镇人民政府驻友芝村；撤销基长镇、水岩乡，设置新的基长镇，以原基长镇、水岩乡地域为新的基长镇行政区域，镇人民政府驻基长村；撤销本寨水族乡，设置玉水镇，以原本寨水族乡地域为玉水镇行政区域，镇人民政府驻新和村；撤销上司镇、打羊乡，设置新的上司镇，以原上司镇、打羊乡及甲里镇的甲里村、峰洞村、角寨村地域为新设置的上司镇行政区域，镇人民政府驻上司村；撤销甲里镇，将原甲里镇四九村、星朗村划入下司镇，设置新的下司镇，以原下司镇和甲里镇四九村、星朗村地域为新设置的下司镇行政区域，镇人民政府驻下司村；原麻万镇建制不变。