2000年，独山县辖8个镇、10个乡。

2003年，独山县辖8个镇、10个乡（其中3个民族乡），250个村委会、9个居委会。年末总人口34.92万人，其中非农业人口3.76万人；少数民族24.06万人。

2012年，独山县辖一城六区（即：独山大学城、贵州独山经济开发区、麻尾工业园区、独山高新技术产业园区、独山现代农业产业园区、独山紫林山国家森林公园文化旅游产业园区、独山城乡统筹改革实验区）和8个镇，7个乡、3个民族乡：城关镇、兔场镇、麻万镇、基长镇、上司镇、下司镇、甲里镇、麻尾镇、尧梭乡、羊凤乡、甲定水族乡、翁台水族乡、本寨水族乡、水岩乡、打羊乡、尧棒乡、黄后乡、董岭乡。

2013年，辖八个镇：百泉镇、麻尾镇、影山镇、基长镇、玉水镇、上司镇、下司镇、麻万镇。