皇藏峪集山、水、泉、涧等自然景观浑然一体，小气候明显，素有“幽谷圣地”、“淮海佳境”、“天然氧吧”之称。皇藏峪主要由五个部分组成，即瑞云寺景区、天门寺景区、樱桃沟景区、竹林寺景区和倒流河遗址区。

植物资源

　　皇藏峪属暖湿带落叶阔叶林区，森林植被种类以华北植物区系成分为主，同时混有相当数量亚热带树种。是地球同纬度保存最好完好的落叶阔叶林带，以青檀树、侧柏、刺槐、橡树、泡桐、栎树、瓜子黄杨、银杏、南京椴为主体，有块状或小块状镶嵌分布的五角机、黄连木、青桐、山杏、酸枣、棠梨、樱桃、石榴等林分。

　　截至2014年，皇藏峪植物群落中百年以上的古树名木有1000多棵，其中千年以上的有300多棵。园内有木本植物种，中草药700多种。

　　皇藏峪的古栎树群落主要分布在塔林，整个群落占地约有130公顷，有千年以上古栎树470多棵。在皇藏峪自然保护区皇藏洞至拔剑泉一线，有大小190多棵南京椴，平均胸径40厘米，高度在15米以上。在皇藏峪百斤岗和龙岗山南大约9.17公顷的山坡上生长着大量的黄连木，平均胸径为26厘米，树高13米左右，与黄檀、刺槐、杜梨等树种形成落叶阔叶林群落。

动物资源

　　截至2014年，皇藏峪内有鸟类58种。其中有留鸟17种，夏候鸟20种，冬候鸟3种，旅鸟18种。野生动物主要有野兔、狐狸、刺猬、蛇、獾等。